Markus Töpfer studierte nach dem Abitur von 1986 bis 1989 an der Verwaltungsfachhochschule Wiesbaden, die er mit dem Diplom Verwaltungswirt (FH) abschloss. Nach verschiedenen Stationen in der hessischen Landesverwaltung wurde er zum Bürgermeister der Gemeinde Schmitten im Taunus gewählt. Von 1997 bis 2003 war er dort für eine Wahlperiode hauptamtlicher Bürgermeister. Im Anschluss wechselte er in die Kommunale Abfallwirtschaft. Bei der Rhein-Main Deponie war er bis 2018 als Geschäftsführer tätig. Von 2007 bis 2018 war er außerdem Geschäftsführer Main-Taunus Recycling sowie Geschäftsführer der Rhein-Main Deponienachsorge. Von 2017 bis 2018 übernahm er die Geschäftsführung der Biomasse Rhein-Main, bevor er sich 2019 im Bereich Strategie- und Managementberatung selbstständig machte.
